Naceu o 17 de maio de 1833 nunha casa labrega no concello coruñés de Arteixo, cando súa nai, guipuscoana, voltaba do santuario de Pastoriza. A familia viviu en A Coruña e trasladáronse a Compostela onde o pai, farmacéutico compostelán, estableceu unha botica.
Manuel obtivo o grao de bacharel en Filosofía e comezou Farmacia, pero gostáballe máis a literatura e marchou a Madrid. Con só 17 anos escribiu a súa primeira novela, "Desde el cielo" e publicouna no xornal "La Iberia". Fixéronse ata nove ediccións e foi traducida a varias linguas. Alí adquiriu relacións no mundo das letras e da política.
Murguía adicoulle un artigo crítico de louvanza a un libro de versos, "La flor", dunha escritora galega descoñecida, Rosalía de Castro. Casou con ela e a parella voltou a Galicia residindo en A Coruña, Santiago, Vigo e Lugo.
Dirixiu o Diario de La Coruña e dende 1860 adicouse ós estudios históricos convertíndose en erudito e ofreceu a primeira mostra co "Diccionario de escritores gallegos", o segundo tomo en 1866, precedido dun discurso conceptual sobre o nacionalismo galego.
A súa actitude política foi liberal progresista. Xunto cos seus vellos amigos consagrouse á tarefa da renacencia cultural galega. Nomeárono xefe do Arquivo Xeral de Simancas, e no ano 1870, pasou a desempeñar a Xefatura do Arquivo Xeral de Galicia.
Coa restauración do 75 cesou e voltou ó periodismo dirixindo "La Ilustración Gallega y Asturiana". Foi designado Cronista Xeral do Reino de Galicia e publicou "Los Precursores" na Biblioteca Gallega fundada por Martínez Salazar.
Foi destinado á Biblioteca da Universidade de Santiago e ó ano seguinte trasladárono ó Arquivo da Delegación de Facenda en a Coruña ata a súa xubilación en 1905.
Presidiu ata a súa morte (en 1923) a Real Academia Galega fundada en A Coruña.
Foi independente, rebelde,
non convencional e cunha preocupación no seu espíritu: O rexurdimento
de Galicia.