Pero non todo son vantaxes. Os Biocombustibles teñen moitos inconvintes, tanto por motivos económicos como medioambientais. Podemos enumerar os seguintes:

• Provocan subida dos prezos dos alimentos.

• Contribúen á perda de biodiversidade e recursos naturais nas zonas onde se cultiva. A deforestación de selvas provocará a desaparición de miles de especies e o empobrecemento do aire do planeta.

• Para a súa produción é necesario consumir gran cantidade de enerxía.

• A agricultura intensiva (propia de países industrializados, busca unha producción grande en pouco espazo, producindo un maior desgaste do sitio) libera gases de efecto invernadoiro (p.e., óxido nitroso).

• Os Biocarburantes como alternativa ao Petróleo: a viabilidade desta proposta non ten un futuro claro.

• Os aceites de orixe vexetal tradicionalmente usados para a produción do biodiesel como son a colza, soia, palma ou xirasol, son un recurso limitado e controlado por uns poucos países a través de grandes corporacións perpetuando o modelo de monopolio actual coas fontes de enerxía fósiles.

• Como se recolle nas últimas reflexións da FAO, a utilización de aceites de uso alimentario para a produción de enerxía está creando un aumento de prezos. As principais vítimas desta situación son os países en vías de desenvolvemento.

• Os biocombustibles producidos a base de palma aceiteira, cana de azucre e soia levan graves impactos sociais e medio ambientais.

• O seu uso limítase a motores de baixo rendemento e pouca potencia.

• A súa produción só é viable mediante subvencións, porque os custos dobran aos da gasolina ou o gasóleo. Necesítanse grandes espazos de cultivo, dado que do total da plantación só se consegue un 7% de combustible.

• O combustible precisa dunha transformación previa complexa.

• Nos bioalcois, a destilación provoca, respecto da gasolina ou do gasóleo, unha maior emisión en dióxido de carbono.